1、有机食品对生产环境的要求高
目前全国各地未经农药污染的生产环境是比较难找到的，几乎所有的土地都有一定程度的农药污染。但有机食品的生产是不能使用农药、化肥的，因此有机食品对生产地的环境也有更高的要求。土地需要经过三年的转换期，并且这期间不能使用农药和化肥。只有在生产环境（即土壤、大气、水源）等达到有机农业的标准才行。因此有机食品对生产环境的要求是非常高的，在种植有机作物之前，农业生产者需要花费大量的时间成本和人力成本去改善生产地的生产环境。
2、有机食品生产成本高
由于有机食品不使用化肥，为了让作物能够有足够的营养，有机农业生产者会使用进行无害化处理过的肥料，因此有机肥料的价格会更高一些。又因为不能使用农药，所以作物生长过程中也就需要人工进行除虫、除草等。所以有机食品需要投入大量的人力成本去维护，这也是导致有机食品价格比普通食品更贵的原因之一。
3、有机食品产量低
有机食品是自然生长，不使用化肥农药的。因此折损的作物会比较多，收成会比较少。种植了同样规模的幼苗，相比常规种植的农产品，产量会更低，收成会比较少。
4、有机生产规模较小
目前国内的有机农业生产规模还比较小，因此有机农产品产量也就比较少，所以价格自然会贵一些。
5、时间成本高
有机食品从常规生产转换到有机生产需要经过大概3年的转换期，另外常规食品种植期间可能会使用生长激素来促使其加快生长速度，缩短生长周期，而有机食品不依靠生长激素，完全自然生长，需要的时间更长，等待时间也就更长，所以价格就会更贵一些。
6、有机食品需支付认证费用
常规食品可能采摘之后就可以直接售卖，而有机食品需要经过生产、加工、运输、认证等一系列流程，尤其是有机食品认证是需要支付认证费用的。这也增加了有机食品的成本。
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