1、申请
申请人提出正式申请，向有机认证机构或其代理索取有关申请表格和文件，如有机认证申请表、有机认证调查表和有机认证证书面资料清单等。申请人填写有机认证申请表和有机认证调查表，填写完毕寄回检查认证部门，同时准备按有机认证书面资料清单中的要求提供相关材料，并确认相关事宜。
2、文件审查并制定检查计划
有机认证机构或其代理或分中心对申请人材料进行预审。审查合格后，根据申请人提供的项目情况，估算检查时间，制定初步检查计划、估算认证费用，并向申请者寄发受理通知书和有机认证检查合同。审查不合格当年不再受理申请。
3、签订的有机认证检查合同
申请人与有机认证机构签订有机认证检查合同。申请人根据检查合同要求，缴纳相关费用的50%～70%。申请人指定内部检查员配合认证工作，并进一步准备相关材料。
4、实地检查评估
全部材料审查合格以后，有机认证机构指派检查员进行实地检查。检查员依据有机生产技术准则等的要求，对申请人的质量管理体系、生产过程控制体系、追踪体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估。必要时，检查员可对水、土、气及产品抽样，由检查员和申请人共同封样送指定的质检机构检测。
5、编写检查报告
检查员完成检查后，按有机认证机构要求编写检查报告。检查员在检查完成后规定期限内将检查报告送达有机认证机构。
6、综合审查评估
有机认证机构根据申请人提供的申请表、调查表等相关材料以及检查员的检查报告和相关检验报告等进行综合评估，填写颁证评估表，提出评估意见。有机认证机构将评估意见报颂证委员会审议。
7、颁证决议
颁证委员会对相关材料进行全面审查，做出同意颁证、有条件颁证、有杨转换颁证或拒绝颁证的决定。
8、签署认证协议，支付余款
有机认证机构与申请者签署认证协议，申请者支付相关费用的余款。
9、颁发证书
根据颁证委员会决议，向符合条件的申请颁发证书。获证申请者在领证之前，需对检查员报告进行核实盖章，获有条件颁证机构申请者要按认证中心提出的意见进行改进做出书面承诺。
10、有机食品标志的使用
根据有机产品证书有机产品标志管理章程，签订有机产品标志使用许可合同，办理有机标志的使用手续。
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